En 2016, 44% de la population ont accès à l’eau potable; la proportion étant de 86% en milieu urbain contre 39% en milieu rural. Plus de 20% de la population en milieu rural utilisent pour boire de l’eau de surface (lac, rivière, ruisseau). Les infrastructures d’assainissement sont vétustes, peu fonctionnelles et circonscrites aux périmètres des centres-villes. Le taux de desserte national en assainissement est de 49% pour le milieu urbain et de 5% en zone rurale. Un grand nombre de ménages ne disposent pas d’infrastructures d’évacuation des excréta. Cette situation, jointe à la précarité de la qualité de l’eau, est en partie à l’origine des maladies à support hydrique dont la diarrhée qui sont les principales causes de morbidité et de mortalité à Madagascar.
Le secteur Eau et assainissement se caractérise aussi par une mauvaise gestion de l’eau, une insuffisance de la protection contre les crues et l’exposition permanente aux pollutions, le comportement irresponsable de la population vis à vis de l’eau et des infrastructures hydrauliques, l’insuffisance de l’allocation budgétaire, l’application insuffisante des textes règlementaires et diverses pressions anthropiques et naturelles telles que la déforestation, l’érosion, etc.
Les projections climatiques et leurs impacts sur la variation du régime pluviométrique et l’élévation de la température vont aggraver la disponibilité des ressources en eau.
Ces ressources étant principalement des eaux superficielles, elles dépendent totalement du régime pluviométrique et seront donc très sensibles à toute perturbation du climat.
Les inondations sont signalées ayant des impacts sur la qualité de l’eau et affectent directement les infrastructures d’assainissement dont la vétusté et le manque d’entretien entrainent des cas d’inondation répétitifs dans de nombreuses agglomérations urbaines.
En milieu côtier, les infiltrations salines sont connues et peuvent concerner les eaux potables et les parcelles agricoles. Certains ouvrages parlent d’une gestion des ressources de plus en plus difficiles et des risques de conflits d’eau.
